企业管理系统要求对管理对象整体把握、科学分解、组织综合，这就是管理的整分合原则。作为企业的管理人员必须明确任何管理活动都是在管理要素所构成的矛盾对立统一体中进行，它们相互影响、相互作用，因此，系统的合理分解是认识系统运动规律的前提。

系统的整分合原则是管理活动的一个普遍的根本的原则。在计划和决策过程中，要求企业的管理者从化整体最优化的观点出发从而选择最佳方案；在项目管理中，这一原则强调：并不是某一要素（子系统）处于最佳状态，项目运行就处于优化状态，只有各要素的功能互补才能实现组织运行的最优化；在生产管理中，这一原则要求生产组织必须开展分工与协作，分工是充分发挥各要素的功能，而协作是为了实现系统的整体功能。在实际的企业管理活动中，这一原则的应用产生了网络分析技术、线性规划法，非线性规划法、全面质量管理。最优化设计等具体管理技术与方法。这一原则还对企业管理者提出了两个要求：；一是管理边界清晰，二是管理层次明确。

企业管理系统的内部分为若干个子系统，各子系统之间以及该系统与外部更大的系统之间存在着特定的边界。管理者对企业的管理系统的边界一定要有个清楚地认识，在管理工作中，责任不清、任务不明，其实往往是对管理的边界认识不清楚。例如：企业系统内部各子系统如计划管理、采购与供应管理、技术开发与设计管理、产品销售管理、财务管理等虽然它们之间存在着密切的联系，但却有着不同的管理任务与重点，如果对自己的管理边界不清晰，势必会造成整个管理体系出现紊乱。因此各管理部门的人要对整个企业的管理系统的运行状态有科学的认识，把握管理边界，这样才能提高企业的整体管理效率。

如果说管理边界清楚是企业管理系统的横向结构条件，那么管理层次明确是合理安排系统纵向结构的前提。有效的企业管理系统要求在确定管理边界的基础上必须合理的划定层次。一方面将管理系统划分为不同层次的子系统，另一方面明确自身在整体系统中的层次地位。例如：企业管理者在实施管理活动中明确自己是从事企业管理、车间管理、工段管理、班组长，即明确自己是处于高级管理层、中级管理层、还是处在初级管理层。这样层次才能有明确的职责和任务。管理者把握层次性原则，就能清楚地了解自己的处境、地位与职责，从而处理好上下级之间、大集体与小集体之间、局部与全局的关系。